Este estudio analiza la relación explicativa entre la obtención de patentes, los recursos financieros y el Sistema Nacional de Ciencia y Tecnología y los recursos financieros, con el desempeño innovador. La muestra estuvo conformada por 1,572 pymes pertenecientes al sector industrial manufacturero colombiano, seleccionadas con un muestre intencional, a través de un proceso no probabilístico. Para realizar el análisis estadístico, se utilizó el modelo de ecuaciones estructurales basado en las covarianzas (PLS-SEM). Los resultados indican una relación positiva y significativa entre la obtención de patentes y el desempeño. De igual forma, entre los recursos financieros y el desempeño innovador, así como, entre el Sistema Nacional de Ciencia y Tecnología con el desempeño innovador.