El Sistema Regional de Innovación (SRI) en La Guajira (Colombia) constituye una alternativa de desarrollo territorial fundamentada en su contexto particular y en la colaboración activa entre los diferentes actores para promover el desarrollo económico y social, con la participación de empresas, instituciones académicas, organismos gubernamentales y la sociedad civil. Se pretende conocer como influyen los grupos de interés en el desarrollo territorial, partiendo de un análisis del sistema regional e innovación en el departamento de La Guajira. Se aplicaron técnicas cualitativas por medio de Grupos Focales. Los datos fueron gestionados con la técnica de análisis de contenido y la ayuda del aplicativo ATLAS.ti, encontrando categorías emergentes soportadas en la teoría de la innovación como base teórica. Finalmente, los hallazgos develan, una ausencia de voluntades para la integración del SRI; además de las percepciones de a) rol del gobierno; b) rol de las empresas c) rol de las universidades;